Im Jahre 2011 fand im Rahmen der Kreisgebietsreform der Zusammenschluss der ehemaligen Landkreise Rügen und Nordvorpommern sowie der Hansestadt Stralsund zum Landkreis Vorpommern-Rügen statt. Hintergrund war die Hoffnung der Landesregierung, durch diese Fusion eine deutliche Effiizienzsteigerung der Verwaltung erzielen zu können.

Die FDP entschied jedoch, dem Neuzuschnitt des Landkreises nicht zu folgen - die bisherigen FDP-Kreisverbände blieben bestehen: Die geografisch Lage als Insel und die wirtschaftliche Ausrichtung Rügens führen zu einer Vielzahl von Besonderheiten, die  spezifisch für diese Region sind. Zudem ist der Landkreis V-R einer der flächenmäßig größten Landkreise der Bundesrepublik. Bei einer Fusion der drei FDP-Kreisverbände im Landkreis Vorpommern-Rügen würde sich die Arbeit aufgrund der langen Wege sehr schwierig gestalten. Von daher wurde auf eine Fusion verzichtet.

Der Kreisverband Rügen organisiert sich in Regional- und Ortsverbände und wird durch den Kreisvorstand geleitet.